明代 (公元1368-1644年)
明代是由朱元璋建立的；朱元璋是农民出身曾经出家为僧，最后做了起义军领袖成功推s翻元朝。公元1368年，朱元璋利用元末农民大起义的有利形势，自封明太祖称帝，改年号 洪武。明代初期，特别是永乐年间(1403-24)，较注意恢复与发展，进行了一些政治及民生改革，使农产品和家庭工业品得以商品化。明代在科技与文化方面也有许多突出成就；如迁都及建筑紫禁城，编辑类书《永乐大典》及郑和下西洋等。文学名著《西游记》及《金瓶梅》也是这个时期的作品。
当时西方欧洲派来中国的传教士，不但带来另类宗教思想，还有科技文化。明朝的知识分子在与他们交往中，受到一定的影响，译述了一些西方科技、医学书籍。徐光启(1562-1633)是最早与西洋传教士密切交往的学者；他与意太利人利马窦合作, 介绍了西方几何学的基本理论及公理。
明代末期，皇室、贵族、官僚、豪绅及地主等大量掠夺，赋役繁重，农民与城市贫民遭到残酷的剥削，他们相继揭竿而起反抗。当时边界的外族时常扰攘，国势日衰。公元1644年, 由李自成组成的农民起义军终于推翻明朝。
明代之医学流派
明代有很多名医，并出版了非常多的著作，对于中医药的发展贡献很大。这时期医家们仍旧沿袭先前医学经典继续发展，继承金元时代医家们提出的医学主张，明代也出现不同学术流派，各家互相激烈争论。当时主要分为滋阴、温补以及明末出现的温病学派。
1、滋阴派
源自元代朱丹溪主张--滋阴并善用寒凉之药治病。着明代表医家包括王履及戴思恭。
2、温补派
以金代李杲的脾胃论为基础，治疗时重视温补中气的方法。代表医家首推薜己，次为张景岳及赵献可。
薜己(1488-1558)，号立斋，其父曾任太医院院使。他医学造诣较深，兼通内、外、妇、儿、眼、口齿等科。其学术思想强调真阴、真阳不足。薜己著作甚多；《内科摘要》是中国医学史上第一本以内科命名的医籍，《口齿类要》是中医史上最早的口齿专书，其他著作包括《外科枢要》、《正体类要》、《薜氏医案》、《疠疡机要》、《女妇撮要》、《外科心法》等。他推荐以苍术、人参、甘草及北蓍为主的汤剂，治疗因脾胃不和所引起的疲乏及食欲低下。根据李杲《脾胃论》之描述，都是一些"温补中气"的药物。
张介宾(约1563-1640)，字景岳，浙江山阴人。其医学主张主要为"阳非有余"、"真阴不足"以及"人体虚多实少"等论点。主张温补肾阴肾阳，慎用寒凉与攻伐方药。张介宾创制很多补肾方剂。于晚年编撰的《景岳全书》是一部综合性医籍。他亦撰写多部《黄帝内经》注释，内容浅易。
明代另一位力倡温补的医家，赵献可字养葵。他对薜己的学说十分推祟，尤其发挥命门之说，认为命门是人身之主和至宝，于1687年特撰《医贯》一书，用意是以保养"命门之火"的论点贯穿于养生与治疗等一切问题。因此他用药也多采用八味丸、六味丸等张仲景在《金匮要略》描述的补阳方剂。
3、温病派
温病学说的来源久远，是中医多种外感急性热病的总称，即是 外源性病邪引起身体发热等症状的疾病。明代以前，医家们对传染病和非传染病的认识，主要局限于《伤寒论》的范围，内容提及"太阳病发热而渴，不恶寒者，为温病。
吴有性(1592-1672)，名又可，姑苏洞庭人。他目睹当时疫病(又称为瘟疫病)流行的惨状，决心通过观察研究，对疫病的病因、传染途径及平日所用之验方等作详细记录，于1642年写成的《温病论》属于传染病的专着。他创立"戾气"之说，认为温疫之病并非由风寒暑湿所为外邪引致，而是由于感染一种外在的"异气"引起，这种"异气"他称作"戾气"。戾气有以下要点：物质性可服药治疗；通过口鼻侵犯体内，而致病与否则决定于戾气的量、毒力及人体的抵抗力；戾气的种类不同，所引起的疾病会不同，侵犯的脏器部位也不一；人类的疫病和禽兽的瘟疫是由不同的戾气所致；痘疹与疔疮等外科化脓感染也是戾气所引起的。
古代痘疹就是天花，是严重传染病，早在汉代葛洪的《肘后方》已有记载，但一直没有有效的防治方法。直到明代发明人痘接种法，为预防天花开辟有效途径， 为免疫学的早期成就，在世界医学史上占有重要地位。人痘接种法开始应用的确实日期仍不能确定，但是最晚在明朝年间(1567-1572)确实有文献记载其应用。
外伤科的新成就
这时期，外科及创伤科有新进展；医家们主张治疗外伤疾病应内、外兼顾。同时对癌症有了较清晰的认识，例如认为致癌原因是情绪低落或是嗜吃油煎、辛辣、烧焦食物等。外科手术方面如止痛、消毒及止血的技术也提高了。陈实功的《外科正宗》较突出地表现当时的成就。
陈实功(1555-1636)，江苏南通人。他从青年时代就专门研究外科，经过四十多年不断实践，在外科理论和手术方面都有独到之处。于晚年1617年完成《外科正宗》。
《外科正宗》论及外科常见疾病一百多种，并选入了唐宋以来的许多有效方剂。他主张治疗外科疾病应该内服和手术并重，认为脓肿疾病应该尽早开刀，以免贻误病情。书内记载他曾经成功做过断喉吻合术；并在茴香散局部麻醉下，用铜筋丝线圈套及摘除鼻息肉。书内还有最早对颈部恶性肿瘤及乳癌的记录。
另一位同期著名外科医家，王肯堂(1549-1613)，撰写《疡医证治准绳》。对外科诊治有丰富的论述，主张骨伤科医生首要必须了解骨骼结构。书内有很多中医外科史上早期的记载，如气管吻合术，耳廓、唇、舌、外伤的整形术。当时他已认识到肿瘤不能手术治疗。
梅毒性病
典型的梅毒病大约在15世纪或稍前从外国经广东传入中国。明代梅毒病泛滥，医家陈可成撰《霉疮秘录》是较早的梅毒专书。书内记载梅毒不同病期症状，提出了用丹砂、雄黄等含砷的药物治疗。是世界医学史上最早应用砷剂治疗梅毒的记录。此外还论及预防梅毒的方法。
针灸
明代针灸继续有所发展，公元1443年明政府特定专人仿照宋代的式样，另行铸造针灸铜人。这时期出现了不少针灸著作。反映此期成就者，有高武及杨断洲。
高武，字梅孤，浙江鄞县人。16世纪中期先后完成《针灸节要》及《针灸聚英》，前者主要摘录自《黄帝内经》及《难经》的理论编成，很适合初学者应用。
杨断洲(1522-1620)，对16世纪以前的针灸学文献进行辑录，并结合自己心得经验，于1601年完成《针灸大成》。书内论及经络、穴位、针灸手法及适应症等，还介绍了应用针灸与药物综合治疗之经验。是17至19世纪重要的有关文献。
药物学及方剂学的发展
明代有大量本草学及方剂学著作，其中又以个人编著者占大多数。刊行数量远较先前历代为多，内容更丰富详细。
中国本草学出现了一部具世界学术地位的专着，就是李时珍编辑的《本草纲目》。李时珍共撰写过17本着作，其中以《本草纲目》最闻名，它有下列几方面的成就：总结16世纪以前我国的药物学内容；书内所载药物增至1500余种，并附药图1000幅，药方10000余个。纠正了以往本草书中的某些错误。提出了当时最先进的药物分类法；他按照"从贱至贵"的原则，即从无机到有机，从低等到高等。将药物分为16部，包括60类，有系统地记载了每种药物的知识。每药标正名为纲，纲之下列目，纲目清晰。这本书不仅是药物学专着，还包括植物学、动物学、矿物学、化学等方面的知识。
《本草纲目》刊行后很快传入日本、朝鲜及越南等亚洲地区，在公元17、18世纪先后被翻译成多种欧洲语言。另一方面，李时珍是首位提出脑负责精神感觉、又发现胆结石病、利用冰替高热病人降温及发明消毒技术的医家。
明初1406年，朱输、滕硕等编辑《普济方》。记录61739首处方，有239幅插图。书里广泛辑录历代各家方书、民间验方、单方。使明代以前的大部分方书内容得以保全，为后世研究中医药学提供了极丰富的资料。
