在晚清，政府机构之所以还能维持运转，很大程度上依赖于借债。除了向外国银行以及洋商借债，另一个条道路便是向国内金融机构，也就是票号们借款。
以左宗棠西征借款为例，左宗棠西征期间，除了向洋人借债，另一重要借款来源便是山西票号。左宗棠通过转运局向各地票号共借款880万两以上，支付利息约50万两。票号借款与洋商借款一起，成功帮助左宗棠完成了收复新疆的大业。
光绪二十年（1894年），为筹集甲午战争经费，户部欲效仿向西洋银行借债的方式向国内商人借款，史称息借商款，各地票号向户部借因一百数十万两。光绪二十四年，朝廷又打着「似乎四万万之众，不难借一二万万之款」的主意，发行了名为「昭信股票」的公债。票号则被户部昭信局指定为公债的承销机构。
到了1900年庚子事变，慈禧太后西狩山西，随行有北京大量高官与王公贵族。嗅觉灵敏的山西商人自然不会放过这一能够近距离巴结讨好权力中心的机会。例如大德通总经理高钰，就提前从随行大员、内阁学士桂月亭处得到慈禧的详细行程，并得以提前安排慈禧一行的食宿招待，为西太后的西行筹集经费。对于其它仓皇逃跑缺衣少食的王公贵族，山西票号也尽力接济，即使许多票号的账本已在战乱中遗失，他们对北京官员的提款要求也是有求必应。
山西票号的努力没有白费，不仅在太后西狩期间，清廷下令全国的京饷都汇往山西票号，之后的辛丑赔款本息，也规定由各省将摊派金额汇往票号，再由票号统一交付外国银行。因此，山西票号在庚子之乱中虽然有不少店铺毁于战火，但是无一家倒闭，反而到达了发展的最高峰。按照票号分号的数量计算，1880年代全国共有分号194个，到了清末最后十年，分号数量达到了475个。然而巅峰的到来也伴随着隐患。
1904年成立的户部银行（1908年改名大清银行），是清末新政的产物之一。显然，清政府已经意识到银行业的巨大利润，开始以国有银行的身份进入市场。对于票号而言，这是一个可怕的竞争对手，因为大清银行不仅在市场上挑战票号的地位，接过了本属于晋商的汇兑京饷的事业，还更有额外的手段确保自身的优势。
同样是放款后债务人破产清算，大清银行往往能凭借特权优先确保自身贷款的回收，而票号只能分到剩余资产。日升昌商人哀叹道：大清银行固是朝廷之商务，商民亦系皇上之子民，所属不同，求利无异，何分彼重此轻。既将欠大清银行之款悉数清还，而欠商民之债何得每两以一钱一分八厘了结也。似此重轻不均，实难忍受。真正敲响山西票号业丧钟的，是清政府的倒台。
武昌起义后，清政府对票号的大笔欠款无法清偿。1911年11月，经过袁世凯内阁同意，清廷还打算向各票号借款500万两。然而各票号在两次会议商讨后，以清廷之前已向各票号借款700万两尚未归还为由，拒绝了此项贷款。显然，借给清政府的700万坏账是不可能要回来了。
随着政治靠山的倒台，票号的信誉也遭遇巨大危机，各地出现挤兑风潮，票号开始大规模倒闭。到1913年末，山西帮24家票号中已有5家倒闭，包括「天下第一票号」日升昌。至1921年，仅有4家幸存，随后基本退出金融市场。
少数晋商通过中俄贸易在俄国购置资产，实现了资产转移，然而也并不能躲开厄运。随着十月革命一声炮响，在俄晋商的货币变为废纸，财产被全部充公，甚至性命不保。蒙古一度是晋商最为兴旺的地区，但这里的晋商也没能逃脱惨痛的宿命。在外蒙由俄国策动独立后，俄国人对当地富裕的华商进行了系统性的洗劫。
据《大公报》记载：「车臣汗盟各旗所有之商号四五百家，强半被俄匪抢劫，各旗之商人已知确被抢害者三十余人……万源长四人、世泰荣铺长被匪开膛，铺伙被钉树上而死。」晋商原先在蒙古掌控的商业领域也由俄国国企尽数夺走。随着两次押宝的接连失败，中国一代商业传奇最终只得随之衰败。晋商这个词再一次为人所熟知，就要等到「煤老板」的崛起了。
